返回行动并发现大蛇丸已将伊布里一族屠灭并准备对雪见下手。大蛇丸因受了重伤行动不便，在取得雪见血液之后便继续逃离。雪见因身体经受烟雾化无法复原而危在旦夕；在伊布里族人灵魂的帮助下，甲依靠强烈的守护愿望成功地以木遁的生命力恢复了雪见的身体，成功挽救了伊布里一族的最终 幸存者。
之后，甲同卡卡西、伊布里雪见道别，三人踏上了各自的道路，甲打算依旧作为“根”的一名忍者继续循规蹈矩地活下去。
在与卡卡西分别三年后，甲已成长为一名实力强大的忍者，此时团藏盯上了卡卡西的写轮眼并打算夺取作为自己右眼的替代品，甲接受了夺取卡卡西写轮眼的任务并跟踪卡卡西进入大蛇丸废弃的据点，中途现身并与卡卡西一同进入试验点侦察情况。
由于误解了卡卡西误杀野原琳的真相，认为对方也只是为任务而对同伴下手之人，遂下定决心向卡卡西下杀手，两人发生激战。在交战过程中被愤怒的卡卡西以千鸟击倒并被对方俘虏。由于双方交战之时不慎打破了大蛇丸试验大蛇的培养缸而遭遇大蛇攻击，甲被试验大蛇吞入腹中。
后被卡卡西相救脱险，从而明白了对方重视同伴的真正心意，帮助中毒的卡卡西脱险并决定中途放弃任务并返回向团藏报告任务失败。
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加入火影直属暗部“大和，莫克海贼团船长夫人，动物系-犬犬果实·幻兽种·大口真神形态能力者，悬赏十六三千亿贝里。”
因为违反了“根”任务绝对的教条，并在与团藏对峙中一度自我意识的觉醒，表示自己不仅是“根”的成员，更是木叶的忍者，不应该伤害同伴，甲的所为使团藏在大为震惊之余，开启写轮眼使用幻术并决定用更为强力的咒印对其进行思维束缚。
在即将被进行咒印束缚之时，被冒险闯入“根”基地的卡卡西所救并跟随卡卡西逃离“根”基地，途中遭到“根”成员以及团藏的阻挠陷入危机。关键时刻应卡卡西请求的三代目火影率暗部及时赶到并制止了团藏，在阐述了木遁忍者对于木叶隐村的重要性之后，日斩表示希望能将甲从“根”调离并编入火影直属暗部。团藏无奈之下答应，同意甲脱离“根”加入火影直属暗部。
戴暗部“猫”面具的大和
“希留，莫克海贼团船员，原推进城看守长，战斗总队长，大剑豪，自然系-静电果实，悬赏二十亿三千万贝里。”
加入火影直属暗部后，被编入卡卡西所在的六班，称呼卡卡西为“前辈”，并正式以“天藏”作为称号开始自己的暗部生涯。
继初代火影以来，天藏是现今木叶唯一能够使用木遁秘术的人，“木遁天藏”的称号无人不知，由于施加在体内的遗传因子而背负的沉重宿命，天藏一边承受着这些，一边发挥着自己的力量，从三代直属暗部时期起，就被誉为是暗部武艺高超的精英，他的实力比资料上表现得更加显着：d级～s级，在所有任务中，他所领导的队员的生还率是出类拔萃的。“威布尔，莫克海贼团船员，原七武海，动物系-远古系-嗜血金刚形态能力者，悬赏十六亿七千万贝里！”
风影夺还战之后，为了应对旗木卡卡西受伤时的情况，五代目火影·纲手经研究编成了新第七班，因为拥有控制人柱力的木遁之力，天藏作为暗部精英被选拔出来担任代理队长，隐瞒“天藏”的暗部代号，使用“大和”代号作为第七班代理队长。
大和同漩涡鸣人、春野樱、佐井组成新第七班并前往天地桥实行抓捕蝎安插在大蛇丸身旁间谍的任务。
对于最初鸣人与佐井的不和而伤透脑筋，并不得不对鸣人实施”恐怖方式“管理。他强调小队的合作性，认为作为忍者不可缺少的，就是信任伙伴的意志。在天地桥之战中，在鸣人遭遇大蛇丸情绪失控产生九尾查克拉暴走的紧急情况下，使用木遁封印术压制住了尾兽查克拉，同时用木分身之术跟踪发现了大蛇丸的巢穴。
之后带领鸣人和小樱潜入并发现了佐井被安排暗杀佐助的秘密任务并同宇智波佐助遭遇，但因佐助实力的突飞猛进而未能成功将其带回木叶。阿玉，超人系-团子果实能力者，悬赏二十亿！
代理第七班在与佐助相遇后，鸣人因自己与对方实力的差距而下定决心进行新术的修炼，与卡卡西一同帮助鸣人进行查克拉性质变化的修炼以及新术的开发，由于自己木遁的能力能抑制九尾查克拉，以此防止使用多重影分身修炼的鸣人查克拉失控。
因为修炼过程中需要留意九尾查克拉的情况，必须时刻集中精神准备木遁封印术火影式耳顺术廓庵入廛垂手来应对。最终鸣人成功靠风属性查克拉斩断了泷壶之术的大瀑布而顺利完成了风属性查克拉性质变化的修炼。
在与晓组织飞段、角都的战斗中，猿飞阿斯玛壮烈牺牲。卡卡西陪同第十